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分享 韩春雨:8月一场停电损坏实验材料让我很被动
稻草 2016-11-1 15:56
韩春雨透露:八月一场停电损坏了实验材料,让我很被动   时代周报记者 付聪 发自石家庄   纷扰半年的 韩春雨谜题 ,谜底依然没揭开。   时至今日,打开河北科技大学生科院网站,一首《浣溪沙/贺韩春雨博士发明基因剪刀》的词还挂在第三条,后面两条新闻也是关于半年前韩春雨因“诺奖级”发现的论文发表在顶级刊物《自然·生物技术》(下称“《自然》”)期刊而扬名。五个月以来,这位年轻学者又因为实验的可重复性而饱受质疑。   近日,12名科学家向《自然》期刊提交其实验结果,均与韩春雨的论文结果有所不同。该期刊新闻发言人回应称,已收到关于韩春雨论文的多个意见,批评意见经同行评议后,有可能会被刊登。   10月31日,前后十几通电话之后,时代周报记者终于联系上韩春雨本人。他对时代周报记者表示,希望质疑的科学家能当面与他讨论。   “今年8月,校方突然停电造成了实验室的实验材料全部损坏,让我一直很被动。”韩春雨语气中带有一些无奈,但语速很快,他多次强调自己很忙,半年来被一波波记者追访,他已经颇有些疲惫。   同在今年8月,韩春雨曾透露已有六七家实验室成功复制NgAgo研究结果,但拒绝透露是哪几家。而近日在接受《成都商报》记者采访时,韩春雨表示“让我自证清白是明显给我设的套”。   “这只是一个科学讨论事件,如今我已经重复出自己的实验。只是这个还没法给出确定期限,科学实验很难有明确的时间要求。”韩春雨对时代周报记者说。   被一篇“诺奖级”论文改变的,不单是曾经籍籍无名的青年学者韩春雨,还有同样不知名的河北科技大学。这所常年在排行榜上排名200开外的二本工科院校,拥有了一名学术明星,也拥有了进军“双一流”的机会。   虽然韩春雨谜题未有定论,但河北科技大学(以下简称“河科大”)的生物工程(基因编辑)已被纳入河北省高校“双一流”建设中的17个“世界一流学科建设项目”,是河科大作为二层次大学唯一入选学科。   风波里的实验室   韩春雨实验室位于河北科技大学中校区一栋老式实验楼里,楼前挂着不少宣传图册,在师资力量那一栏,正挂着韩春雨获奖的新闻。   华北平原的深秋天气已寒,实验楼里人不多,不少实验室都敞着门,韩春雨的实验室则大门紧锁,里面空无一人,烧瓶与器皿摆放得异常整齐,窗边还放了不少盆栽,比其他实验室多了几分生活气。这个冷清的实验室,在过去半年迎来了学校领导、媒体记者等各路人马,无比热闹。   韩春雨的手机留在了实验室里,接电话的是一名学生,“韩老师和(弟子)高峰都出差去了”。他说。   “咔嚓—”韩春雨另一间实验室的门突然打开,一名学生走了出来。看到时代周报记者上前,这名外形与高峰相似的学生脸上有些迟疑与警惕。这名不愿意透露姓名的学生表示,自己“也好些天没见到韩春雨老师了”。“现在都忙着做实验,推进韩老师的研究成果。尽管现在外界有很多质疑,可韩老师都替我们顶着,我们(学生)也没讨论这个事情。”他说。   同样的反应也出现在时代周报记者遇见的许多学生身上,外界传得沸沸扬扬的事件,在这个已经老旧的校园里波澜不惊。大部分学生对于韩春雨的印象,都来自5月发表的“诺奖级”成果论文,不少学生表示没有听说后来的质疑,或表示支持。   一名学生回忆:“韩春雨老师获奖,那会都上了电视,我们全都从电视里就知道的,感觉为整个学校争了光。质疑出来后,在韩春雨的贴吧里,能看到不少本校师生和质疑者的吵架帖。”   针对韩春雨事件,河科大在10月14日发表声明称“已有机构实现基因编辑”,并希望外界给予韩春雨及其团队一点时间。   河科大宣传部长张建功对时代周报记者表示:“校方目前正在等待韩春雨实验的进一步成果,才会有更进一步的声明。”他还表示,“这其中还涉及国家利益,因此不方便透露更多”。   对于河科大恳请给予“多些时间的说法”,北京大学生命科学学院研究员魏文胜提出,“这个实验的周期就两到三个星期,(韩春雨)想要证明,并不会花费太长时间”。   10月10日,12名学者公开实名发声,表示没能重复韩春雨的实验,更呼吁第三方调查,魏文胜就是其中之一。今年5月,他还曾邀请韩春雨赴京做报告。“当时是对他的实验成果很有兴趣,没想过要质疑他,只是后来我自己的实验做不出来”,他同样向时代周报记者表示,“我们只是以科学的角度在探寻此事”。   河科大的宠儿   韩春雨和河科大都在过去半年发生了巨大的变化。   论文发表后,韩春雨本人成了河科大的“宠儿”,不仅校领导亲自来实验室慰问韩春雨,弟子高峰也被河科大聘请为教师。第二天,韩春雨被学校拟增补推荐参评2016年度享受政府特殊津贴人员。   7月13日,韩春雨当选为河北省科协副主席,并在当月被河科大推荐为“长江学者奖励计划”候选人。   8月9日,《自然》对韩春雨事件作出回复的第二天,河北省发改委批复了河科大基因编辑技术研究中心建设工程项目,河科大获得了2.24亿元的财政拨款。澎湃新闻报道称,“采购的仪器是韩春雨的,资金也来自于他”。   8月18日,韩春雨获评“美丽河北·最美教师”荣誉称号。   韩春雨成了河北科技大学宣传的金字招牌。在河科大2016年9月的开学典礼上,校长孙鹤旭发表演讲提到:“(学校)拥有一批在教学上认真负责、在科研上勇于创新的教师队伍,特别是一批像韩春雨一样的年轻老师。”   韩春雨实验室隔壁的河科大研究生王军对时代周报记者回忆:“韩老师以前的实验室里只有韩春雨和高峰。今年开学以后,整个实验室一下子新增了不少人。”   到了9月,尽管质疑声越来越大,但韩春雨和河科大依然通过NgAgo技术,获得了实实在在的项目和荣誉。   9月9日,韩春雨因基因编辑项目获得了100万国家自然科学基金资助;9月21日,河北科技大学基因编辑技术研究中心采购进口仪器设备项目在石家庄开标,预算金额为1958万;9月22日,韩春雨成为河科大中青年科技创新领军人才推荐人才。   风波未平   发表“诺奖级”成果论文以前,韩春雨的生活轨迹只围绕着实验室。   “韩老师每天很早就骑着自行车来到实验室。他们实验室都是最忙的,周末和节假日常常不休息,也是最晚关灯的,晚上十一二点还在做实验。”韩春雨实验室隔壁一名研究生告诉时代周报记者。   论文5月发表之后,韩春雨当月的行程就排满了,他先后去了北京协和医院、北大和浙大做了3场学术报告,6月还接受了凤凰《名人面对面》的采访。   韩春雨实验室的学生表示:“韩春雨实验室的科研活动没有任何的改变。依然在做着自己的实验。”但也有学生表示,质疑出来后,韩春雨到实验室的次数变少了。   8月初,韩春雨对于质疑有着非常迅速的回复。例如7月30日,国际学者巴尔焦发出质疑仅一天后,韩春雨就通过媒体表示巴尔焦在博客上的内容是“非科学的”,并表示“他做得出来也好做不出来也好,从科学的角度上来说跟我们没什么关系”。   8月份中旬到9月底,韩春雨却突然在公众眼里消失。河科大在这段时间也一直没有任何官方回复。直到10月,伴随着诺贝尔奖公布,这一被誉为“诺奖”级别的发现,再度被推上风口浪尖。10日当晚,包括魏文胜在内的12名科学家联名要求韩春雨公开实验的全部原始数据。   河科大一名不愿意透露姓名的教师向时代周报记者表示对韩春雨的理解。“科学实验有些时候是不可能公布出全部原始数据的,因为会涉及科学家自身的科研专利。科学家或多或少有一些保密心理。”他说。   12名科学家之一、中科院生物化学与细胞生物学研究所研究员李劲松对时代周报记者表示:“韩春雨论文里只是给出了全部结论性的成果,但必须有全部原始数据,才能更好重复他的实验。”他认为近期内《自然》杂志会有权威的调查,“我们只是希望韩春雨及河科大以科学的态度来对待此事,而不是选择逃避”。   为什么要自证清白   2014年,在河科大任教了8年的韩春雨偶然看到荷兰科学家John van der Oost在《自然》杂志上的论文,报道TtAgo可以在高温条件下体外切割DNA。韩春雨受到启发,开始利用Argonaut进行基因编辑。   经过两年研究,韩春雨终于在《自然》上发表了自己的论文,该研究成果的核心为一项替代目前通用的CRISPR-Cas9的基因组编辑新技术NgAgo-gDNA。这一成果打破了国际基因编辑技术的垄断,被誉为第四代基因编辑技术。   当韩春雨仍深陷质疑声中时,被他挑战的第三代基因编辑技术领军人物、青年华人科学家张锋在10月末入选《时代周刊》“下一代领袖”(Next Generation Leaders)。   “下一代领袖”是《时代周刊》自2014年起的一项评选活动,张锋是本次榜单中唯一一名生命科学家。   张锋和韩春雨同为石家庄人,张锋亦曾深陷专利纠纷,至今仍未平息。   9月初,北大教授饶毅与中科院院士绍峰联名致信河科大,称韩春雨事件为“中国学术生态节点性事件,需要科学共同体认真对待。”   所谓学术生态节点事件,在日本有一个著名案例。2014年4月,日本理化学研究所的小保方晴子宣称发现类似干细胞的多能细胞,即所谓“万能细胞”,但半年后,其在《自然》发布的实验可重复性遭到质疑,最终被证实她未能制作出这种细胞,成了日文学术界的年度丑闻。小保方晴子的指导老师笹井芳树甚至自杀身亡。   面对种种猜疑,韩春雨再度打破了沉默。这一次,他表示愿意与质疑他的科学家们,当面讨论。
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分享 张峰专利官司白热化实验室叛逃者将被 UC 传讯
热度 4 岳东晓 2016-9-11 11:21
Broad研究院 张峰与 加州大学(UC)的 DOUDNA 的专利纠纷目前已经进入白热化阶段。根据美国专利局案卷显示,UC 将传关键证人,张峰实验室叛逃者林帅亮作证。 我看之前对这个专利争夺的报道说得不清不楚。我在读了相关法律文件、证词之后,应该说对相关争议已经相当清楚了。现在我简明扼要地科普并介绍案情最新进展。 我先简单介绍一下双方的专利之争及相关背景。2011年 , Deltcheva等人的论文发现细菌 Cas9 免疫系统需要四个部分:Cas9 蛋白,crRNA, tracrRNA 与 RNase III。但这篇论文并没有弄清tracrRNA的具体作用(该文认为 tracrRNA 引导 crRNA 的 maturation)。如下图。 2012年6月,Jinek 与 Doudna 等人的论文宣布,通过在细胞体外的试管实验发现主管DNA切割的充分并且必要的三个部分:Cas9, crRNA 与tracrRNA (不需要 RNase III)。论文还确定了几个部分的作用,其中 Cas9 是切割机, crRNA 的主要作用是定位,而 tracrRNA 是在与crRNA耦合后启动切割 (activate)。而且 Jinek 等还成功把 crRNA 与tracrRNA 连起来成为一个分子,这样可以把 DNA 切割的组件由三个变成两个。如下图:左边是自然原核细菌中的机制,两个RNA分子;右边则是人工机制,把两个RNA给连起来了,成为一个带着一个配对圈的RNA分子。但 Jinek 等人的实验并没有在任何细胞内进行, 只是在细胞体外的试管里, 当然也没有在动植物等真核细胞内实验,也不知道能否可行( “it was not known whether such a bacterial system would function in eukaryotic cells.”) 。在该论文发表后几个月 DOUDNA等人表示在真核细胞的实验遇到了很多困扰("many frustrations")。 ‘ 张峰等人在2013年1月发表论文,表示他们成功使用 CRISPR 技术实现了 对真核细胞的基因编辑。张峰与 DOUDNA都申请了专利。 张峰的专利是:用Cas9 + 两个RNA 或者 一个人工拼接的RNA在真核细胞内进行基因编辑。 DOUDNA的专利申请是:用Cas9 + 一个人工拼接的RNA进行基因编辑。 注意两者的区别:张峰的是两个RNA(crRNA 与 tracrRNA )或者是一个人工合成的RNA,在 真核细胞 进行编辑。DOUDNA 是 用一个人工合成的RNA 对任何基因进行编辑。 另外注意:自然现象是 Cas9 + 两个RNA (crRNA 与 tracrRNA )在原核细胞(如细菌)内进行DNA切割, 自然现象是不能申请专利的 。所以,DOUDNA的是一个人工RNA;张峰则是在真核细胞内。 现在DOUDNA说,张峰的仅仅是把技术扩展到了真核细胞,这是“显然”的事情,张峰的发明是他们的发明的显然应用,构成专利干扰(注一)。张峰则说,他们的研究不是显然,DOUDNA组在真核上实验就遇到了很多问题。这一点上,似乎张峰有力。轮到专利争端了,人家都做出来了,UC再改口说“显然”似乎说服力不大。 正在双方开打之际,张的阵营出现了一个叛逃者,名叫林帅亮,此人是中国农业大学毕业、然后在清华攻读博士,2011年到张峰实验室干了约一年,他在2015年2月28日给 DOUDNA 发去一个邮件,标题是“The Broad CRISPR 专利以及在你的实验室申请工作”,这封邮件中说,张峰是在2012年看到 DOUDNA的论文才开始用CRISPR研究,之前只做老的技术。林帅亮两天后就在UCSF (UC系统的一个分校)拿到了工作。他的这封邮件成了UC(DOUDNA)方面的有力武器。林帅亮投名状如下: 但张峰方面提出了反制证据,早在2012年1月,张峰就提交了一个研究经费申请,这个申请里,张峰根据 Deltcheva 2011年的论文,申请使用 CRISPR 对真核细胞进行基因编辑,而且根据他们的说法,在DOUDNA论文之前,他们就已经使用双 RNA 分子在真核细胞内取得了成功。张峰经费申请相关页面截屏如下(而且张还有实验记录等证据)。 这样看来,证据对张峰相当有利。因此,UC要反击需要林帅亮的强烈证词。现在UC 方面已经申请批准传讯(SUBPOENA) 林帅亮 ( Senior Party (“UC”) requests: (1) leave to issue subpoenas on Drs. Shuailiang Lin and... ),要求他交出他在投名状邮件中提到的种种证据。 根据报道,到目前为止张峰公司 Editas 为了相关专利官司已经花了1000万美金律师费等费用。UC的专家证人包括2009年的诺贝尔生理学奖获得者,双方都是都全力以赴。这个官司的结果决定的将是一个巨大数字的经济利益。 从案子看,随便说话可能带来不利影响。我建议所有想申请生物技术专利的人士读读相关法律文件。 注一:“ An interference exists if the subject matter of a claim of one party would, if prior art, have anticipated or rendered obvious the subject matter of a claim of the opposing party and vice versa." 37 C. F. R. § 41.203(a) A claim is anticipated if each and every limitation is found either expressly or inherently in a single prior art reference. Structural Rubber Prods. Co. v. Park Rubber Co., 749 F.2d 707, 715 (Fed.Cir. 1984). Obviousness factors include (1) the scope and content of the prior art , (2) the level of ordinary skill in the art, (3) differences between the prior art and the claims at issue. Graham v. John Deere Co. of Kansas City, 383 US 1 (1966).
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