根据方舟子不是“生物信息学家”这个事实，我们自然而然地会发出这样的疑问：在这个世界上，哪一个专业“生物信息公司”会聘任一个仅仅具备初级生物信息 学知识的人，担任咨询科学家？他们要向这个人“咨询”什么？这个问题之所以引起人们的重视，主要是因为：方舟子从来就没有透露这家“生物信息公司”的名 称、地址、联系方式、业务内容，以及他自己向这个公司提供何种服务——即使在网友们五次三番地就此向他发出质问之后，方舟子仍旧是牙关紧闭，一个字儿也不 肯透露。方舟子说自己是“美国生物信息公司咨询科学家”，但这个世界上并没有哪个公司叫做“美国生物信息公司”，所以方舟子这样自报家门，就象有些网友指 出的那样，类似于说“我的博士学位来自美国某大学”，明显是既要显示自己的资格，又不愿意透露自己资格的来历。而越是这类遮遮掩掩的举动，就越是让人怀疑 其中藏有不可告人的秘密。
　　当然，对方舟子的研究，如果仅仅停留在“怀疑”这个水平上，我们就不配说自己是在研究“方学”。作为一门学问，它必须建立在坚实的事实和严密的逻辑之上。先看事实。
　 　事实一：2001年6月15日，《科学时报》发表《直面中国学术腐败：在溃疡处撒“盐”》。其中说：“方舟子，美国生物信息公司咨询科学家，”“在生物 学领域，这是方舟子本人的专业，而且至今他在美国从事的也是生物学信息咨询工作，因此在这方面是有口皆碑的。”（http://www.xys.org /xys/netters/Fang-Zhouzi/Net/fzz_jxy.txt）。
　　事实二：2001年8月6日，方舟子在接受《新民周 刊》采访时，是这样回答“选择做自由职业者经济上有保障吗”这个问题的：“我把博士后研究时做的东西（克隆了一个基因）申请了专利，得到一笔钱，可以维持 基本生活费用。同时，我与人合作在国内开了个专门向国外留学生卖书的网站，还可以拿到一笔钱。此外，我还在一家美国生物信息公司兼任咨询科学家。总之，我 还是攒了一些钱。”（苏庆先：《方舟子访谈：活跃在网络上的啄木鸟》，http://www.xys.org/xys/netters/Fang- Zhouzi/science/xinmin1.txt）。
　　事实三：2001年8月10日，新华社记者熊蕾在《科学》杂志发表《中国：生物化 学家发动反对道德败坏的网上战争》，其中说：“今年34岁的方在美国受的训练，是一家生物信息公司的咨询顾问（the 34-year-old Fang is a consultant to a bioinformatics company）”。
　　（http://www.xys.org/xys/netters/Fang-Zhouzi/science/science_report.txt）。
　 　事实四：2002年11月21日，《华夏时报》刊登韩福东的《方舟子笑谈生物技术》一文。方舟子在文章发表当天就将之转载到新语丝上，并标出其中“不够 准确”的地方。但下面这句话，方舟子是认可的：“目前定居美国加利福尼亚州，从事互联网开发、写作和兼任美国生物信息公司的咨询科学家。” (http://www.xys.org/xys/netters/Fang-Zhouzi/science/huaxiashibao.txt)。
　 　事实五：2003年7月2日，方舟子在新华网面对视频观众说：“我的经济来源有几部分。第一，我有一个专利，几年前我在做研究的时候，我当时和同事们克 隆了一个基因，这个基因产品和艾滋病治疗有关系，所以有药厂买了我们这个专利，每年支付一些专利费用，这些可以保证我的一些基本生活费用。第二，有时间我 也给美国的生物技术公司做做咨询工作，这也有部分收入。第三，稿费也是我收入的一部分。虽然说没赚到什么钱，但是维持基本生活还是没有问题的。”(新华 网：《海外学人方舟子谈“学术腐败”》，http://www.xys.org/xys/netters/Fang-Zhouzi/science /xinhuanet2.txt)。
　　事实六：2004年4月3日，方舟子在接受中央电视台“面对面”的采访时，对“你靠什么为生呢”这个问 题，是这么回答的：“我现在属于自由职业，收入比较杂一些。一个是我还在做科学研究的时候，我们那个实验室就克隆了一个基因，这个基因跟艾滋病有一些关 系，可以用它来做药，药厂会支付专利费。还有就是我现在写了很多文章，出了八本书，有一部分稿费收入，我现在每个月要写好多文章，有一些属于专栏文章。” (央视国际：《方舟子：揭穿“皇帝新装”》，http://www.cctv.com/news/china/20040403 /100837_1.shtml)。
　　事实七：2005年5月，方舟子在接受《南方人物周刊》采访时，当记者问他：“你靠什么维持自己的生活” 时，方舟子答曰：“我是一个自由职业者，收入比较零散。例如，我在做科学研究的时候，我们那个实验室克隆了一个基因，这个基因跟艾滋病有一些关系，可以用 它来做药，所以有药厂来用，这样他们会支付专利费。还有，我现在写了很多的文章，出了不少的书，有稿费收入，保障在国内的基本生活是足够了。”（曾繁旭、 吴虹飞、陈磊：《方舟子我是过渡人物》) 。【注：这段话，在后来方舟子自己公布的采访记录“洁本”中不见了。（http://www.xys.org/xys/netters/Fang- Zhouzi/interview/nfrwzk.txt）。】
　　也就是说，方舟子的这个“美国生物信息公司咨询科学家”的头衔，在2001年 6月初次露面，到2003年以后发生了变化：雇佣方舟子的公司，从“一家美国生物信息公司”变成了“美国的生物技术公司”；而到2004年之后，他基本上 不再提及这个收入来源了。这种变化，固然可能是因为方舟子在美国的就业情况发生了改变——在2003年以前，他在“一家美国生物信息公司”担任咨询科学 家，在那以后，他只是在“有时间”的情况下才给“美国的生物技术公司做做咨询工作”；而在2004年以后，方舟子这两样工作都不作了。
　　假如上 述推测是准确的，则我们又无法理解为什么方舟子在2004年第9期《科技中国》月刊上发表《对转基因食品的恐惧源于无知》一文时，在自己名下，仍旧注明自 己是“美国生物信息公司咨询科学家”。（这篇文章，极为罕见地没有被方舟子挂在新语丝的新到资料中。这当然可能是因为这篇文章的主要内容已经被他反复发表 了好几次，因此有自我抄袭、一稿多投的嫌疑。但更重要的原因，则可能是他不愿意让海外华人知道他在国内显示的这个“美国生物信息公司咨询科学家”身份，以 免别人问他“HMM怎么个用法” 这类问题。）所以，合理的推测只能是：这“一家美国生物信息公司”和“美国的生物技术公司”，就是一个东西，这两个名称的后面，或者确有一个商业实体，或 者是方舟子的完全虚构。【注：根据熊蕾的那篇Science文章，方舟子所谓“生物信息公司”的英文是“bioinformatics company”，它的“直译”应该是“生物信息学公司”。但方舟子却一直将他的这个雇主称为“生物信息公司”。方舟子为什么要把这个“学”给删去？这是 方舟子的另一个秘密。】
　　那么，这个“美国生物信息公司”和“美国的生物技术公司”，是不是方舟子编造出来的呢？一般来说，象方舟子这样“最聪 明”的人，是绝不会去干自己认为“无益”的事情的。2001年正是方舟子“打假”生涯从网络走向中国主流媒体的关键一年，他还不至於一边“直面中国学术腐 败”，一边又毫无缘由地凭空捏造出一个虚假的学术身份。这种事情，对他有百害而无一利，愚者尚且不为，何况我们这位“智商高超”的“状元”、“博士”。再 说，我们也很难理解方舟子在2001年为什么要编造出一个自己到本专业之外的公司供职的谎言。这个谎言既容易被戳破，也不利於他的那个光辉形像——刚刚告 别科学实验室两年多，就去到一家商业公司打工，不要说“从小立志献身科学”的人干不来，即使是对科学稍微有点儿感情的人都很难办到。如果仅仅是为了应付媒 体对他如何养活自己的质疑，方舟子完全可以编造其他谎言，如说自己是为那家买去自己的专利的制药公司当“咨询科学家”。方舟子当然可能是看到了生物信息学 的“商机”，但以他所拥有的那点儿知识，他也断不会凭空捏造出一个“美国生物信息公司咨询科学家”的大帽子给自己戴上。
　　总之，根据以上事实，以及合乎common sense 的推理，我们基本可以肯定地说，从2001年起，方舟子确实在为某个“美国生物信息公司”或“美国的生物技术公司”提供服务，并且从中获取报酬。