1950年上海工厂庆祝废除抄身制现场 资料图
与针对美国宗教渗透的斗争相比，关于新中国成立以后与美国争夺对大中学生的思想影响问题，则多少遭遇了一些麻烦。
根据刘少奇1949年7月4日给斯大林的报告：“仅仅英、美两国，在中国设立的专门学校与大学校就有卅一所，神学院卅二所，图书馆廿九所，文化团体廿六个，中学校三百廿四所，小学校二千三百六十四所。”《建国以来刘少奇文稿》第1册，第12页。因直接由美国方面的资金支持和赞助的学校数量众多，在中国各类学校总数中所占比例较大据1950年6月1日《马叙伦部长在第一全国高等教育会议上的开幕词》中说：当时全国共有高等学校我227所，其中教会设立的学校24所，约占总数的10%。参见《中华人民共和国重要教育文献》（海南出版社，2000年）第25页。，因此，学生乃至教授职员中对美国等资本主义国家抱以好感者自然人数众多。由这些学校培养出来的毕业生，每年大量地进入到社会当中去，包括就职于政府机关和各类学校，他们也就不可避免地会把“亲美”、“崇美”、“恐美”的思想情绪散布到四面八方。和较多地在宗教信仰的范围传播思想和进行活动的基督教、天主教教徒比较起来，这些学生和教职员在社会中的影响范围显得更要广泛得多。新政府必须尽可能快地缩小美国在这方面的影响。
但是，和解决西方宗教影响问题一样，新中国成立之初，因所面对的问题异常繁杂，一时也只能牵就，根据轻重缓急，对学校工作则采取循序渐进的策略。新政权在各类有着外国背景的学校当中所采取的初始做法：一是发展进步势力；一是强化政治思想教育。但这两方面的工作，都受到了相当大的挑战。
在发展进步势力的问题上，新政权依据以往在国民党统治区内开展学生工作的经验，借助于政权和舆论宣传的力量，对所有教会学校和直接受到教会资助的大中专学校，都大力进行了党团组织的建设，并以党团组织，特别是以青年团组织为中心，通过各种方式联络靠近政府的同学，在学生中发展进步势力。这一工作一度取得了相当明显的成果。以上海沪江大学为例，到1950年初，全校学生958人中，就已发展党员27人，团员178人，进步学生占到全校学生的1/3，信教学生仅为273人，占全校学生的24.7%，即还不到1/3。
但是，由于中间派学生亦长期受到社会中“亲美”和“崇美”的文化心态的熏陶与影响，反感新政权强化学生的政治教育。尤其是在有教会或美国津贴背景的学校学生当中，对美国抱以好感的人数众多，以至于当时中共的政治宣传往往会受到学生们的公开抵制。比如，上海沪西区委书记在圣约翰大学作《国际形势与美国政策》时事政治报告中批评美国时，却被学生当场鼓倒掌，弄得几乎下不来台《徐汇区委宣传部宣教工作报告》（1950年6月14日），上海档案馆藏，档案号A22-2-5-88。上级领导人来作政治报告都如此，这时在教会学校里开设政治课会遭遇到什么样的情况，就更是可想而知了。
因为新中国刚成立时，各大城市中进步学生的政治热情十分高涨，因此最初政府明令在高校开设政治课时，一般反映尚好。多数学生因为新鲜，也不大反感。但是，时间一长，情况就大不同了。一方面，当时没有统一的政治课教材，多数学校政治课教师本身就是勉强为之，对中共的知识及其理论了解很少，只能以读报和教条式的口号解读作为教授的内容，这种教学方式很快就开始让学生感到厌烦了。
另一方面，在一些教会学校，政府明令不许以宗教课程作为必修的内容，却硬性规定要开设政治课，结果是这边神职人员不能向所有学生宣讲上帝造人的学说，那边信教学生却必须接受政治课教师教授由猿变人的进化论观点，这不可避免地造成学校内部教徒和反宗教师生之间的尖锐对立。
为了巩固教会学校中教徒对上帝的信仰，许多学校的牧师采取了对抗政治课教育的做法。不允许上课讲圣经，他们就利用课余时间组织青年讲座、圣经小组，开办圣经班、慕道班、唱诗班等，加强对学生宗教信仰的引导和影响《教会学校工作简报（二）》（1950年5月27日），上海档案馆藏，档案号B105-5-1345-1~2。而一些极端顽固的神职人员，更是积极在教师和学生中进行反宣传，声称：“共产党是魔鬼，不要和他们接近，会被他们引诱去的。”宣传“苏联穷得很，它还要请美国帮助，怎样能帮助中国呢？”
煽动学生说：“美国人就要回来了，你们不要进步。”劝告教师说：“天主教的人不能讲政治课。”他们还经常组织学生观看美国电影，影响到在一些教会学校里，学生们“一见到美国旗就鼓掌，并高呼说‘美国太棒了！’”天津市委宣传部：《关于满济世和圣母御侍团有关情况报告》，1951年5月7日，北京市档案馆藏，档案号215-4-56-1~9。因此，一些学校里学生反苏亲美态度明显，传播“亲苏亲美不亲民”、“蒋匪毛匪都是匪”之类的顺口溜《教会学校工作简报（二）》（1950年5月27日）。则成了一种时髦。
毫无疑问，中共中央对教会学校以及受美国津贴资助的相关学校团体中存在的这些问题始终保持着高度的警觉，但此时还没有做好接收这些学校的足够准备，因此，更为注意的焦点则是那些可能威胁到政权稳固的上层宗教教育界人士。担心他们中的某些人士有朝一日会被美国人招募成用来实施“内部破坏”的间谍《苏联驻华大使罗申关于李克农谈话的备忘录》（1949年11月17日）。而对于一般的教会学校，即使存在着诸多问题，新政权当时通常无意采取断然措施来解决问题。
像对天主教创办的辅仁大学，教育部虽全力赞助进步校长陈垣在学校中贯彻政府意图，但当天主教会以停拨经费要挟陈垣解聘积极宣传反宗教观点的几位政治课教师时，教育部对此也只是根据学校的请求，不声不响地支付了该校当月所需的经费而已，并未乘机将学校收归国有。不仅如此，教育部部长马叙伦随后还根据周恩来的指示，与天主教会代表进行了具体的商谈，希望教会在遵守政府基本政策和相关法令的条件下，恢复与辅仁大学之间的关系。只是因为天主教会明确表示不能接受政府方面提出的条件，教育部才不得不宣布由政府接办该所大学。《中华人民共和国重要教育文献》，第62~63页。
基于此种情况，新政权对教会学校以及有美国背景的其他学校中发生的情况，一度也坚持采取不扩大矛盾的做法。比如，1950年10月初，教育部就政治课教育所发布的指示，虽然明确提出要把进行反美教育列为政治课教育的中心任务，强调要“首先进行反对美帝侵略及批判对美帝存在幻想的教育”，但是，针对发生在教会学校中的种种问题，却仍旧特别说明：“在教会学校进行政治思想教育，注意不要刺激宗教感情，着重团结全体师生，从政治上争取和团结教友共同反对帝国主义，可根据理论说明宗教的本质，不得发动群众性的反宗教的运动，或组织反宗教的展览会和群众集会等。”《中华人民共和国重要教育文献》，第60页。只是抗美援朝战争爆发之后，特别是美国宣布对华经济封锁之后，新政权的这一做法才发生根本性的改变。
1950年12月，由于美国方面率先采取了对华经济封锁的政策，中国政府不得不面对要部分接收受到这一冲击影响的那些过去接受美国津贴的学校的现实。29日下发的《关于处理接受美国津贴的文化教育救济机关及宗教团体的方针的报告》中，政务院文教委员会对美国津贴的中国学校的情况，进行了如下说明：即“在中国20所教会高等学校中间，受美国津贴的即占17所之多；300余所教会中等学校中间，受美国津贴的约近200所，几占2／3；小学方面受美国津贴的约1500所左右，约占全部教会小学的1／4”。显然，报告并不主张将这些学校全部收归公办，它力主在实行完全自办的原则下，最好仍由私人出资，不得已时再交由政府接办。《中华人民共和国重要教育文献》，第71~72页。
根据政务院的这一决定，教育部于1951年1月11日下发了《关于处理接受美国津贴的教会学校及其他教育机关的指示》，要求将凡过去接受美国津贴的学校，应根据情况改由中国人私人出资办理，或接收为公立学校，而美籍董事一律解职，美籍人员一律不得担任学校行政职务，美籍教师可酌情处理。而考虑到现实的条件和斗争的策略，指示明确要求各地务必要“将接受美国津贴的学校与接受其他外国津贴的学校区分开来”。《中华人民共和国重要教育文献》，第75~76页。
经过一系列的工作，到这一年的12月26日，教育部正式报告政务院称，整个处理工作已告完成。由政府接收改为公立的高等学校计11所，改由私人出资维持而政府补助的计9所；改为公立的中等学校计51所，改由私人出资维持而政府酌予补助的计217所。另外还处理了465所初等学校。总共有753所大、中、小学，“从帝国主义在中国的文化侵略的工具变成为中国人民服务的教育事业，使18万余青少年儿童从帝国主义奴化教育的魔爪下解放了出来”。《中华人民共和国重要教育文献》，第133~134页。
由于政府接办了众多过去由教会或外国人主办的学校，对于其他一些有外国资助背景的学校政府也开始直接介入其中，参与学校人事、教育等的权力和机会自然会越来越大。1951年11月中共中央关于在学校中进行思想改造和组织清理的指示，以及1952年5月中共中央在高等学校推行批判资产阶级思想和清理中层的做法，《中华人民共和国重要教育文献》，第132~133、148~149页。都显示了新政府对学校教育干预力度的进一步加强。这种情况纵使不能很快扭转所有学生的思想倾向，但至少在教会学校中像此前那样失控的局面，是很少可能再现了。